2006年，新疆維吾爾自治區國有資產監督管理委員會和中國水務投資有限公司進行戰略合作，對原新疆昌源水利水電產業集團有限公司實施重組，成立新疆昌源水務集團有限公司，注冊資本金5億元，中國水務持有60％股份，自治區國資委持有40％股份。
        2010年，新疆昌源水務集團有限公司增資擴股。注冊資本金增至為8億元，其中：中國水務投資有限公司持有51％股份，新疆維吾爾自治區國有資產監督管理委員會持有25％股份，深圳市博納投資合伙企業(有限合伙)持有14％股份、湖北航天瑞麒投資管理咨詢有限公司持有10％股份【2016年已將其所持有的10%轉讓給了浙商鐵漢（深圳）生態產業投資合伙企業（有限合伙）】。